Los asentamientos de Fondón, Benecid y Fuente Victoria tienen un origen muy antiguo, con presencia humana desde el Neolítico, como lo demuestran hachas de piedra encontradas en lugares como el Barranco del Infierno. La zona fue habitada también en la Edad del Bronce, como indican restos encontrados en Cerro Castillo y Fuente Ramírez, y en época romana, con vestigios de cerámica en Las Paces y Sierra de Gádor. Sin embargo, es en la época musulmana cuando se disponen de fuentes más abundantes y fiables.
Tras la Reconquista, la zona estuvo bajo el dominio de Boabdil hasta 1493, cuando pasó a la Corona de Castilla. En los siglos siguientes, los moriscos enfrentaron la difícil convivencia con los castellanos, culminando en la rebelión morisca de 1568-1570, que terminó con la represión y deportación de los moriscos. En este contexto, la repoblación de la zona comenzó en 1572, con nuevos colonos que recibieron tierras a cambio de un diezmo.
Durante los siglos XVII y XVIII, la región experimentó crecimiento demográfico y económico, principalmente por la producción de seda y minería. A fines del XVIII, la minería de plomo adquirió gran importancia. La población creció y, a lo largo del siglo XIX, Fondón alcanzó su mayor esplendor económico, aunque la guerra de Independencia y los terremotos de 1804 trajeron dificultades.
El auge minero de principios del siglo XIX permitió a la población casi duplicarse, pero la decadencia de las minas y la crisis agrícola llevaron a la emigración. La anexión de Fuente Victoria en 1884, que había sido parte de Laujar de Andarax, formó parte de los cambios administrativos de la época.
La Guerra Civil afectó gravemente a la región, con pérdidas de vidas y patrimonio. Durante el franquismo, las minas cerraron y la emigración aumentó, especialmente a destinos como Almería y Cataluña. La agricultura no se modernizó, aunque algunos cultivos como la almendra y el olivo ofrecieron algo de esperanza. Hoy, el turismo rural se ve como una oportunidad para el futuro, mientras que la población de Fondón ha disminuido a menos de mil habitantes.
